En Debian y derivados, para cifrar una carpeta y todo su contenido uso la herramienta gpgtar del paquete (gnupg-utils). En Arch está dentro del paquete gnupg. Es muy sencilla y es una buena opción porque es muy resistente a los ataques.

Para cifrar con gpgtar se hace así:

$ gpgtar -co carpeta_cifrada.gpg ./carpeta/

Así obtengo un archivo carpeta_cifrada.gpg que empaqueta la carpeta completamente cifrada.

Para desencriptar la carpeta usamos el comando siguiente:

$ gpgtar -d carpeta_cifrada.gpg

Siempre he usado gpg-zip pero en Debian 10 me salta un mensaje de advertencia indicando que es mejor usar gpgtar. Tras instalar Debian 10.3 o 10.4 me daba un mensaje de error algo así como:

gpg: signing failed: Inappropriate ioctl for device

Mirando aquí logré solucionarlo con: export GPG_TTY=$(tty). Además me gusta más que antes porque la contraseña te la pide en la propia consola, antes me la pedía en una ventana gráfica y no me gustaba ese salto de la consola a una ventana gráfica.

Fuente

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